AltキーがUbuntuのUnity(Windowマネージャ)とバッティングするらしいです(´・ω・｀)
対策を探したんですが、なかなか難しいみたいです。Puppy Linuxのforumにそういう話題がありました
sakurapup.browserloadofcoolness.com • トピック – リナックス特有の画面を掴むための「ALt」キーの指定を変更したい（inkscapeでバッティングする）
とりあえずの対策としては「Windows版を使う」というのが早いかも。
絵を描くソフトはフォトショなどWindowsでしか動かないものも多いので「アイコン作るときはWin、プログラムをガッツリやるときはUbuntu」という感じで使い分けようかな。
Ubuntuの方が集中して作れるので好きなんですが、絵のソフトはWindowsの方が多いので状況に応じて使おうかと思います