PDFファイルをページ単位で分割できないかな、と思っていたら分割するソフトがありました。pdftkというソフトです。試してみたのはUbuntu12.04(64bit)です
インストール
Ubuntuソフトウェアセンターから「pdftk」で検索→インストールでOKでした。
使い方
pdftk sample.pdf cat 2 output 2.pdf
で2ページ目だけを2.pdfに書き出し。複数ページの場合は
pdftk sample.pdf cat 2-5 output 2-5.pdf
とすると2-5ページ目を2-5.pdfに書きだしてくれます。
これで大きなPDFファイルを分割したり、逆に小さなものを結合したり出来そうです