Raspberry Piの教育用マニュアルを読んでいると、こんな感じの文章がありました.CAS Raspberry Pi Educational Manual | Raspberry Piからダウンロードできるマニュアルの110ページより引用。
Note that because the pins on the Raspberry Pi board are connected straight into the system on a chip (SOC), it is
quite easy to damage your Raspberry Pi or SD card if you are not careful. Make
sure you only use 3.3V on the pins, not 5V. For this reason, it is recommended
that you use an interface board, such as the Gertboard, between the Raspberry
Pi and any circuits you build.
ざっと訳すと「ラズベリーパイのGPIOピンはシステムチップに直結しているので、注意して扱わないとラズベリーパイ自体やSDカードに『簡単に』ダメージを与えます。5Vピンではなく3.3Vピンのみを使ってください。これらの理由から、Gertboard(?)のようなインタフェースボードをラズベリーパイの間につないで使うことを薦めます
という感じらしい。要するに下手をするとラズベリーパイ本体が壊れるよ、と書いてあるみたいです^^; あまり電子工作の知識がない状態でつつくのはしないほうがいいかも。自分は最近はArduinoでひと通り電子工作の知識をつけてからGPIOを使おうかと思ってます。