1607のアニバーサリーアプデで追加されたみたいです。1607アニバーサリーアプデとは、2016年7月に配信開始された、Windows10の大型アップデート版のことです。
デスクトップ画面の左下のWindowsアイコンを右クリック→設定→色→アプリのモードを選ぶ で「黒」が選択できます。デフォルトは「白」です。
とりあえずatomを起動したら、右クリックのメニューがきちんと表示されるようになっていました
作業で長く使うアプリは黒基調のほうが目に優しいので、ダークテーマに対応してくれるとありがたいですね！
後はエクスプローラがダークテーマに対応してくれれば良いと思います。