Windowsでmsysgitを使ってgit管理をすると、そのフォルダ内に「.git」というフォルダをつくり、その中にgitの履歴が保存されるようです。
ということはフォルダごとコピーしてバックアップを取る場合「隠しフォルダを表示する」ようにしておかないと、プログラムのみのバックアップしか取れず、gitの履歴は消えてしまうみたいです。
SSDが不調のときに、別マシンのWindowsXPでバックアップを取ったんですがそのXPでは隠しフォルダが表示されていなかったため、.gitのコピーができずgit履歴が一部消えました^^;
OS吹き飛ぶと影響結構大きいですね、バックアップこまめにとるようにしないとだめですね。