どうもPWDはbashでは組み込み関数か予約語っぽいので、linuxコマンドのpwdと別に存在するらしい？です。あまり詳しくはわかりませんが
予想と違う動作をするbash
#!/bin/bash
PWD=`pwd`
cd ..
echo ${PWD}
この場合、最初にいるディレクトリを変数に保存→cdで一つ上のディレクトリに移動後、最初にいたディレクトリを表示するはずが、変数PWDには移動後のディレクトリ名が入っているという。
変数名をPWD以外のHOGEとかにしたら、中に最初のディレクトリが入ってた。
結論：bashでPWDという変数名は使わないほうが良さそう