git add .
とするとエラーが出て困ったので、メモ
$ git add . warning: You ran 'git add' with neither '-A (--all)' or '--ignore-removal', whose behaviour will change in Git 2.0 with respect to paths you removed. Paths like '201512.sh' that are removed from your working tree are ignored with this version of Git. * 'git add --ignore-removal <pathspec>', which is the current default, ignores paths you removed from your working tree. * 'git add --all <pathspec>' will let you also record the removals. Run 'git status' to check the paths you removed from your working tree.
git 2.0からgit addの仕様が変わったみたいです。gitで管理するファイルを削除した時の挙動っぽい。
とりあえず
git add --ignore-removal .
とすると削除したファイルを無視して管理してくれるみたいです