調べてみたのでメモ
普通のHTMLファイルから外部javasciptを呼び出す場合は
<script src="scripts.js"></script>
のようにすればいいみたいですが、wordpressの場合はwp_enqueue_scriptという関数を使ったほうが衝突が防げるようです。
以下のコードだと、スタイルシートを置いたディレクトリ(テーマファイルがあるディレクトリ)の下にあるjs/scripts.jsを読み込みます。
wp_enqueue_script('myScript',get_bloginfo('stylesheet_directory').'/js/scripts.js',array(),'20121009');
自分で作った外部javascriptならwp_enqueue_scriptを使わなくてもよさそうですが、jqueryは衝突があるので使ったほうが良いみたいです。メモメモ。
以下のブログがとても参考になりました。ありがとうございます。
WordPressのテーマファイル内で外部JavaScriptを使用する際の注意 | firegoby
wp_enqueue_scriptで外部のjQueryライブラリを使う | Shifft – Web Design & Development